Denne Commission er stiftet af Kong Christian den Femte ved Forordningen af 13 April 1686, for at undersøge de i Kiøbenhavn forefaldende Tyve-Sager, i hvilke Folk af forskiellige Jurisdictioner var implicerede, og hvilke derfor ikke uden stor Vidtløftighed ved de ordentlige Retter kunde udføres.
Dens første Indretning var, at den skulde bestaae af en af de tilforordnede Dommere ved hver Jurisdiction i Kiøbenhavn; med saadant maae ikke længe have været, efterdi Commissionen allerede ved dette Seculi Begyndelse var bleven forandret til et af Stadens Garnisons Jurisdiction dependerende Krigs-Forhør, hvori Garnisons-Auditeuren førte Protocollen, og en Capitaine med nogle Lieutenanter af Garnisonen, samt en Søe og en Borger-Officier forestillede Præses og Assessores.
Denne Indretning stod ved Magt, indtil 1758, da Commissionen blev sat paa nu værende Fod, og fik sin egen bestandige Præsident og sin egen Auditeur, som bestilles af Hans Kongel. Majestet, og lønnes af den civile saavelsom begge de militaire Etater.
Foruden disse tvende Betiente, som ere bestandige Medlemmer af Commissionen, og hvoraf Præsidenten har Directionen over det heele Værk, og staaer til Ansvar derfor; og Auditeuren fører Protocollen og instruerer Processen; besiddes Commissionen for nærværende Tid af en Stads-Capitaine, en Søe-Lieutenant, og en Lieutenant af hvert Regiment af Kiøbenhavns og Citadellets Garnison, som løses af efter enhvers Chefs Gotfindende, og tager Sæde næst efter Præsidenten saaledes: 
1.) Stads-Capitainen 2.) Søe-Officiererne og 3.) Land-Officiererne, enhver efter sit Regiments Rang i Armeen, uden Hensigt til hans egen Anciennete, efterdi han der ikkun betragtes som en Repræsentant af sit Regiment.
Disse Officierer har intet med Processens Førelse at bestille, men bruges deels til at ledsage Protocollen, naar Forhører hos Syge i Byen maae holdes, eller Aastedet af et Tyverie tages i Øyesyn; deels ogsaa (saavidt de tvende militair Etater angaaer) til at besørge enhver Etats eller Regiments Folk, paa Commissionens Forlangende, til Forhør fremstillede, deres Arresteringer rapporterede, Forplegning i Arresten i rette Tide betalt, og deres Cuur og Pleye, naar de blive Syge, vedbørligen foranstaltet; ihenseende til den civile Etats Folk derimod besørges alt dette af Justits Sergeanten, som for Forplegningen i Arresten indgiver sin Maanedlige Regning, med Præsidentens Attest paategnet, til Magistraten, der sammes Betaling paa Renovations-Cassen anviser.
Processen er inquisitorisk, og har allene dette besynderlige, at naar en Inquisit jevnlig gribes i forsætlige falske Bekiendelser, eller det tydeligen sees, at han allene af Halstarrighed holder Sandheden tilbage, saa rævses han med Slag af Tampe, eller hvis han er meget haardnakket, af Katten; hvilket da anføres i Acterne med den Talemaade: Alvorlig eller skarp Formaning.
Commissionen holdes i en aparte Fløy i Stokhuset, hvor den har to Værelser, et stort, hvori Retten holdes, og Archivet er, og et mindre, hvori de ved Forhørerne indkommende Tyve-Koster forvares, indtil de til Vedkommende kan udleveres.
I Commissionens Etage er desuden et Værelse, som bruges til Fængsel for Arrestanter af Quinde-kiønnet; et hvori Døds Delinqventerne af Præsterne præpareres, og et som Justits Sergeanten beboer, tilligemed et Kammer til Commissionens Brænde, der leveres fra Fæstningens Magasin.
I Kielderen ere Syv Fængsler for Inquisiterne, dog sidder ogsaa deri ey allene de Soldater, over hvis Forbrydelse Kongelig Resolution paa Krigs Rets Dommen indhentes, med endogsaa de, der ere tilfundne at sidde paa Vand og Brød.
Over alle disse har forbemeldte Justits Sergeant, som Stokmester, den egentlige Opsigt; men han staaer igien, hvad samme angaaer, under Forvalteren i Stokhuset; for det øvrige derimod under Commissionen, og lønnes af Landmilitair Etaten, samt beskikkes af Gouverneuren i Kiøbenhavn.